Тяжелыми не только для библиотеки, но и для всей страны стали 90-е годы ХХ века. Это было сложное время в истории страны, в судьбе каждой семьи. Именно в это время отмечается спад интереса к чтению. Резко падает интерес к советской литературе, даже к фантастике и детективам. Востребованы комиксы, ужастики, зарубежные любовные романы, мистика, развлекательные журналы. По результатам одного из анкетирований, более 90% старшеклассников ответили, что любят родину, но 65% готовы уехать за границу на работу. На вопрос, что спасёт Россию, ответы были (в порядке убывания): труд, единение, честность, красота, чудо. А на вопрос о национальной идее 80% юных читателей ответили, что они за создание сильного государства, где будут защищены права каждого её гражданина.
Финансирование библиотек было резко сокращено. Ни на что не было денег: ни на закупку книжного фонда, ни на ремонт, ни даже на зарплату. В то время заработная плата библиотекарей была намного ниже прожиточного минимума. Она вообще превратилась в нечто символическое. Её не хватало на несколько дней даже одному человеку. Часть сотрудников библиотеки ушла из неё.
Но большая часть осталась и продолжала работать «за идею». Да, как это ни парадоксально, но библиотекари приходили работать, не получая даже прожиточного минимума, установленного законом. Приходили к своим юным читателям, не закрывая библиотеку ни на один день.
Как расценить такое поведение? Не знаю. Думаю, что со временем мы поймем и оценим это как незаметный подвиг, подвиг во имя будущих поколений.
А сколько было желающих завладеть помещениями детских библиотек! Уважаемыми в городе людьми даже выдвигался тезис, что так много библиотек городу не нужно. Достаточно одной на вёсь город, в которой будет и взрослая, и детская. Сколько боёв пришлось выдержать директору Л.М.Пономарёвой на разных уровнях власти, защищая детские библиотеки, считая их основой интеллектуальной культуры в небольших городах и особенно на селе. И она сумела отстоять все филиалы, ни одного не отдать. И даже получить лучшие помещения для некоторых из них, большую помощь в этом оказала начальник управления культуры администрации Новороссийска Людмила Арсентьевна Косторнова. 
Библиотеке нужно было не только выживать в новых условиях, но и развиваться, находя новые формы работы, отвечающие запросам нового времени. Постепенно она стала превращаться в досуговый центр, в центр интеллектуального развития. В библиотеке возникли клубы по интересам для всех возрастов (Барби, Филиппок, Юных джентльменов, Благородных девиц, знатоков российской истории и др.).
Библиотека стала больше работать со школой-интернатом, с открывшимися детскими приютами и возникшими в городе национальными обществами. В 1995 году открывается видеоклуб, в котором для детей бесплатно показывают мультфильмы и кинофильмы. Стали проводиться тематические показы фильмов в дни школьных каникул.
Начал в библиотеке работать и кукольный театр, актёрами в котором были библиотекари и читатели. Они ставили спектакли для малышей.
Новороссийская детская библиотека заняла одно из призовых мест в краевом конкурсе «Добру откроется сердце ребёнка», что позволило получить финансирование из краевого бюджета.
В 1994 году, благодаря усилиям начальника управления культуры администрации г. Новороссийска Л.А.Косторновой, библиотеки города были включены во Всероссийскую программу «Информатизация». По этой программе библиотеки получили из республиканского и краевого бюджетов первые компьютеры. Началась работа над электронным каталогом и картотеками, которые постоянно пополняются и обновляются. Эту напряженную работу библиотекари выполняли в сумасшедшем темпе, задерживались после трудового дня, привлекали членов своих семей, умеющих работать на компьютере. Возглавила эту работу заведующая отделом комплектования и обработки литературы Новикова Любовь Григорьевна. Детская библиотека Новороссийска одной из первых в крае сформировала электронный каталог и картотеки.
В эти годы заложены основы программы «Детская библиотека - информационный центр».
С 1997 года детская библиотека стала сотрудничать с организацией ТАСИС, занимающейся экологическими проблемами Чёрного моря. Совместно с ней в стенах библиотеки регулярно проходят конференции по темам «Живой мир» и «Экологические проблемы Чёрного моря».
Работа детских библиотек Новороссийска по-прежнему интересна для библиотек края и страны. В эти годы библиотека неоднократно принимала у себя участников творческой лаборатории Ассоциации детских библиотек России. На ней присутствовали главный специалист по делам библиотек Министерства Культуры России Надежда Шахова, президент Ассоциации Анна Капишникова, старший преподаватель Санкт-Петербургской академии культуры Людмила Степанова, директора областных библиотек (Новороссийский рабочий. – 1997. – 4 июля).
В это же время в противовес нарастающей угрозе распространения СПИДа и наркомании детские библиотеки разрабатывают и осуществляют программу «В 21 век без наркотиков». Успешно работает клуб «Перекресток» и школа волонтеров «Равный – равному», которыми руководит Исаенко М.В. 
На базе библиотеки проводятся городские и краевые обучающие семинары, круглые столы.
Принимая активное участие в краевой акции «Детство в опасности», детские библиотеки Новороссийска разрабатывают и осуществляют программу «Свое тепло вам дарит библиотека». Издается пресс-релиз «О положении детства в Новороссийске», проводятся круглые столы, семинары, слушания совместно с общественными и молодежными организациями по проблемам детства. Среди читателей проведен мониторинг, а затем и конкурс творческих работ «Я – ребенок. Я – человек, имеющий свои права». Лучшие творческие работы ребят были опубликованы в общероссийском журнале «Защити меня». Письма-обращения отправлены президенту РФ В.В.Путину.
В рамках этой же программы в ЦДБ им. Н.К.Крупской выделяется сектор по обслуживанию детей с ограниченными физическими и социальными возможностями. Библиотека идет навстречу детям-инвалидам, сотрудничая с реабилитационным центром «Ромашка», детским домом, приметой нового времени – детским приютом «Надежда», фондом «Филантроп». Особенно нужны библиотекари детям-инвалидам и детям-сиротам, воспитанникам школы-интерната. Для таких детей библиотека совсем иной мир, где с ними считаются как с равными. Ко многим детям-инвалидам библиотекари приходят домой, приносят новые книги. Но дети сами стараются прийти в библиотеку, как бы тяжело им ни было.
Детская библиотека ставит себе задачу помочь детям – инвалидам адаптироваться в среде здоровых детей. В этом им помогает человек, которого знают как Детского Доктора, Магистра, Султана, Деда Мороза, клоуна Па-Сашка. Социальный педагог-психолог Александр Коваль - тоже работник детской библиотеки. Его задача - помогать детям, прививать им любовь к чтению.
От простого чтения вслух он пришёл к чтению-игре, в которой клоун Па-Сашок и ведущий, и главный герой. В этой игре застенчивый малыш забывает о своей робости. У него появляется уверенность в себе, он начинает чувствовать себя на равных со всеми участниками игры и становится лучше. «Игра-импровизация, направленная на активизацию детей, позволяет ребенку раскрыть свои творческие возможности», - так звучит по-научному направление работы А.В.Коваля. Но фактически – это театр одного актёра, а иногда и одного зрителя. Для Александра Владимировича всё равно, сколько перед ним детей. Он будет одинаково работать и для одного, и для многих юных читателей. И обязательно после игры-чтения он проводит для родителей психологические консультации по проблемам их детей.
Признанием такой незаметной, но важной работы с детьми-инвалидами стал круглый стол «Мир начинается с детства. Особые дети», проведенный департаментом культуры Краснодарского края 26 января 2004 года в Центральной детской библиотеке им. Крупской г. Новороссийска. На нем был обобщен многолетний опыт работы библиотеки в этом направлении. Главным лейтмотивом этой встречи была мысль: ни один ребенок не должен чувствовать себя одиноким (Новороссийский рабочий. – 2004. – 6 февраля).
В 1994 году состоялось одно из знаковых событий для литературной жизни города. Именно тогда детская библиотека совместно с Краевой организацией Российского союза профессиональных литераторов начали ежегодно проводить в стенах библиотеки творческий семинар-конкурс «Юная литература Новороссийска».
Бессменным творческим руководителем семинара стал поэт, Заслуженный учитель России Пахомов Виктор Борисович, техническим – директор ЦСДБ Пономарева Людмила Матвеевна. По итогам семинара-конкурса, как правило, издается небольшой сборник, наиболее талантливым выплачивается литературная стипендия. Финансовую поддержку юным литераторам в разные годы оказывали депутат Государственной Думы С.Н.Шишкарев и депутат Законодательного Собрания Краснодарского края М.А.Ковалюк. Более подробно о проекте «Юная литература Новороссийска» вы можете узнать на сайте ЦСДБ www.bibldetky.ru.
Первые годы нового тысячелетия в истории библиотеки отмечены стабильным финансированием. Появилась возможность комплексного решения накопившихся проблем. При активной поддержке депутата городской Думы, председателя комитета по социальной политике Людмилы Арсентьевны Косторновой, решениями городской Думы поэтапно приняты к реализации городские целевые программы «Муниципальные библиотеки Новороссийска 2005-2007 гг.» и «Модернизация муниципальных библиотек 2008-2010 гг.».
Мероприятия по реализации программ позволили отремонтировать и оборудовать ЦДБ им. Н.К.Крупской, библиотеки-филиалы №№ 1 и 8. Библиотеки избавились от ветхой литературы и смогли приобретать в фонды не только книги по школьной программе, но и современную литературу, как русскую, так и зарубежную. Во всех библиотеках установлены сплит-системы, что немаловажно в южном городе.
К сожалению, мировой финансовый кризис заставил внести коррективы в финансирование программы «Модернизация муниципальных библиотек 2008-2010 гг» в 2010 году.
